Benzalkoniumchlorid ist ein kationisches Tensid und gehört zur Kategorie der nicht oxidierenden Fungizide. Es verfügt über ein breites Spektrum und eine wirksame bakterizide und algentötende Wirkung, wodurch die Vermehrung von Bakterien und Algen im Wasser sowie das Schleimwachstum wirksam kontrolliert wird. Es hat auch eine gute schleimlösende Wirkung und bestimmte Dispersions- und Permeationseffekte sowie bestimmte entfettende, desodorierende und korrosionshemmende Wirkungen.
Leicht löslich in Ethanol und Aceton. Obwohl die Auflösungsgeschwindigkeit in Wasser langsam ist, sind wässrige Lösungen einfacher zu behandeln und werden dennoch bevorzugt. Die wässrige Lösung sollte neutral bis leicht alkalisch sein und eine Farbe von farblos bis hellgelb haben. Beim Schütteln der wässrigen Lösung entsteht Schaum. In der konzentrierten Lösung hat es einen bitteren Geschmack und einen leichten Mandelgeschmack.